常见的菌肥生产及农业用菌一共有28种，他们的主要作用如下：
发酵有机肥，疏松土壤，增加土壤保水性，扩大根系面积，增强光合、减少肥料使用量，提高产量，改善品质。乳酸具有很强的杀菌能力，能有效抑制有害微生物的活动和有机物的急剧腐败分解。乳酸菌能够分解在常态下不易分解的木质素和纤维素，并使有机物发酵分解。乳酸菌还能够抑制连作障碍产生的致病菌增殖。致病菌活跃，有害线虫会急剧增加，植物就会衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害线虫便会逐渐消失。产生类似细胞分裂素、植物生长激素的物质，促进植物的生长；在光照不足环境中能提高作物光合作用，施入土壤后，可迅速激活植物细胞活性，促进根系发育，提高光合作用和生殖生长能力。5、泾阳链霉菌（5406）：是细黄链霉菌的一种乳糖变种。全球70%杀菌剂由该菌提取，对土壤病害效果显著，72小时对根结线虫卵块孵化抑制率达到82.3%。一是可加速有机物的分解，进而释放作物所必须的各种营养物质。研究发现，其转化有效氮的效率为5%～13%，有效磷可达到7%～15%，有效钾的效率高达8%～16%；二是增强光合作用和诱发抗逆基因表达，提高作物对干旱，雨涝，低温等不良环境的抗病、抗逆能力；三是可以在一定程度上改善土壤的结构，这是由于它可以分泌一种有利于土壤团粒结构形成的胶性物质，使土壤疏松、透气、保水，进而增强土壤肥力。解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。分泌抗菌物质抑制植物病原细菌、真菌、病毒、线虫；产生拮抗作用抑制有害病原物的生长或发展或直接杀灭病原物；营养与空间的竞争，迅速地抢占果蔬伤口的营养空间生长存活并大量繁殖；诱导寄主产生抗性，诱导植物自然防御机能；产生赤霉素、吲哚乙酸、细胞分裂素，促进植物生长等。可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。促进植物根系生长，增强根系吸收能力，从而提高作物产量；抑制植物体内外病原菌繁殖，减轻病虫害，降低农药残留；改良疏松土壤，解决土壤板结现象，从而活化土壤，提高肥料利用率；增强植物新陈代谢，促进光合作用和强化叶片保护膜，抵抗病原菌；增强光合作用，提高化肥利用率，降低硝酸盐含量；固化若干重金属，降低植物体内重金属含量。
抗病、杀灭有害菌，提高作物抗病、抗寒、抗旱能力；增加土壤养分、改良土壤结构、提高化肥利用率；促使土壤中的有机质分解成腐殖质，刺激作物生长。促进作物生长、成熟、降低成本、增加产量、提高收入；有一定的固氮、解磷、解钾作用。生发出大量菌丝，将水肥输送到毛细根，从而扩大根系吸水吸肥的区域使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。增加种子的萌发率，促进根部生长，增强植株活力。其中的绿色木霉孢子粉可直接加入腐熟剂、有机肥料、生物菌剂等肥料中，在分解纤维、病理防治中有重要作用。灌根，可防治植物细菌和真菌性土传病害，并使叶部细菌和真菌病害明显减少；并具有明显的促生长、增产作用。微生物源杀菌剂，主要应用于防治土壤传播的细菌性病害,如姜瘟病、茄子青枯病、辣椒青枯病等。蜡质芽孢杆菌能通过体内的SOD酶，提高作物对病菌和逆境危害引发体内产生氧的清除能力，调节作物细胞微生境，维护细胞正常的生理代谢和生化反应，提高抗逆性，加速生长，提高产量和品质。蜡样（状）芽胞杆菌可产生抗菌物质，抑制有害微生物的繁殖，降解土壤中的营养成分，改善生态环境。杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂，称之为“地下害虫专杀”，且可以反复侵染，长期持效，一次用药，整季无虫的特点。对蛴螬、金针虫、地老虎、蝼蛄等鞘翅目、鳞翅目、直翅目地下害虫，有很好的杀灭作用；并可侵染多种磷翅目幼虫，对松毛虫防效显著，对菜青虫玉米螟小菜蛾、大豆食心虫、稻苞虫等防效良好。对直翅目（蝗虫）、鳞翅目（蛾类害虫）、双翅目（蚊蝇类害虫）和鞘翅目（甲虫）等7目200多种昆虫，对地下害虫蛴螬、地老虎、地蛆效果也较为理想。在植物根围生长并形成“保护罩”，以防止根部病原真菌的侵染。能分泌酶及抗生素类物质，分解病原真菌的细胞壁。作为一种生防菌可以用来预防由腐霉菌、立枯丝核菌、镰刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盘菌、齐整小核菌等病原菌引起的植物病害。椭圆形，金龟子芽孢杆菌在特殊培养基上可以进行营养生长，但在培养基上产生大量有活性的芽孢仍然受到限制。金龟子类的专性寄生菌，可以感染蛴螬使其患上A型乳化病。灭蚊病原微生物之一，其灭蚊选择性强，对非靶生物和人畜无毒性，在自然界中易降解不污染环境。对不同蚊幼虫的毒杀作用主要是由其产生的毒素蛋白实现的：一类是晶体毒素蛋白；另一类是Mtx毒素蛋白。缓病芽抱杆(Bacilluslentimorbus)，使蛴螬产生B型乳状病。对蒙古丽金龟、铜绿丽金龟等为害花生的虫种有较强的致病力。
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